Дар даврони Шӯравӣ ва ибтидои Истиқлолияти давлатии Ҷумҳурии Тоҷикистон то соли 1996 назорати фаъолияти муассисаҳои таълимӣ аз ҷониби бозрасии (инспексияи) давлатӣ дар соҳаи маориф сурат мегирифт. Баъдан аз 23 марти соли 1996 фаъолияти Идораи бозрасии давлатӣ ва шуъбаи аттестатсия, аккредитатсия ва литсензиядиҳии Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон оғоз гардид.

  Сипас, бо қарори мушовараи Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон №3/4 аз 23 марти соли 1996 ба ҷойи Идораи бозрасии давлатӣ ва шуъбаи аттестатсия, аккредитатсия ва литсензиядиҳии Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон Хадамоти давлатии аттестатсионии Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон ташкил шуд.

  Минбаъд бошад, бо қарори мушовараи Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон №11/8 аз 8 октябри соли 1999 ба ҷойи Хадамоти давлатии аттестатсионии Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон Идораи давлатии аттестатсионии Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон ташкил гардид. Дар заминаи он бо қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон №322 аз 29 июни соли 2001 Идораи аттестатсияи муассисаҳои таълимии назди Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон ташкил шуд, ки ин ниҳод то соли 2007 амал намуд.

  Баъдан, бо қарори Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 3 марти соли 2007, №105 Идораи аттестатсияи муассисаҳои таълимии назди Вазорати маорифи Ҷумҳурии Тоҷикистон ба Хадамоти давлатии назорат дар  соҳаи маориф табдил дода шуд ва бо ҳамин қарор Низомнома, сохтори дастгоҳи марказӣ ва нақшаи идораи он тасдиқ гардид.

  Бо мақсади таъмини назорати давлатии самараноки сифати таҳсилот дар муассисаҳои таълимӣ, арзёбии шаффофу воқеъбинона ва одилонаи мақоми муассисаҳои таълимӣ ва имконияти мустақилона қабул намудани қарори дахлдор, дар заминаи пояи моддию техникӣ ва иқтидори кадрии Хадамоти давлатии назорат дар соҳаи маориф бо Фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 27 январи соли 2020, №1430 Хадамоти давлатии назорат дар соҳаи маориф ба Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илми назди Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон табдил дода шуд.

  Сипас, бо Фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 18 июни соли 2020, №1557 “Дар бораи Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илми назди Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон” Низомнома, сохтори дастгоҳи марказӣ ва нақшаи идоракунии он тасдиқ гардид.

  Айни ҳол, сохтори дастгоҳи марказии Агентӣ иборат аст аз:

• Роҳбарият;
• Раёсати назорати давлатии муассисаҳои таҳсилоти томактабӣ, миёнаи умумӣ ва иловагӣ;
• Раёсати назорати давлатии муассисаҳои таҳсилоти ибтидоӣ, миёнаи касбӣ ва таълими калонсолон;
• Раёсати назорати давлатии илм, инноватсия, муассисаҳои таҳсилоти олии касбӣ, касбии баъд аз муассисаи олии таълимӣ;
• Шуъбаи кадрҳо, таъминоти ҳуқуқӣ, эътироф ва баробарарзишии ҳуҷҷатҳи таҳсилот дар давлатҳои хориҷӣ;
• Шуъбаи баҳодиҳӣ ва мониторинги сифати таҳсилот
• Бахши назорат, коргузорӣ ва корҳои махсус;
• Бахши молия ва муҳосибот;
• Бахши муносибатҳои байналмилалӣ.
• Ба нақшаи идоракунии Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илми назди Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон сохторҳои зерин шомил мебошанд:
• Раёсати Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон;
• Раёсати Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар вилояти Суғд;
• Раёсати Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар вилояти Хатлон;
• Раёсати Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар шаҳри Душанбе;
• Шуъбаи Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар минтақаи Кӯлоби вилояти Хатлон;
• Шуъбаи Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар минтақаи Ҳисор;
• Шуъбаи Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар минтақаи Рашт;
• Шуъбаи Агентии назорат дар соҳаи маориф ва илм дар минтақаи Зарафшони вилояти Суғд.

  Ҳадафи асосии Агентӣ муайян кардани самтҳои амалӣ намудани сиёсати ягонаи назорати давлатӣ дар соҳаи маориф ва илм буда, иҷрои санадҳои меъёрии ҳуқуқӣ ва стандартҳои давлатии таҳсилотро дар муассисаҳои таълимии Ҷумҳурии Тоҷикистон новобаста аз шакли ташкилию ҳуқуқӣ ва тобеияти идорӣ назорат мекунад, ҳуҷҷатҳои таҳсилоти дар хориҷи кишвар гирифташударо эътироф ва баробарарзишӣ менамояд ва ба ҷараёни таълиму тарбия, сатҳи сифати дониши хонандагон, шунавандагону донишҷӯён, магистрантон, докторантон, тайёр намудани мутахассисон ва дигар самтҳои фаъолияти муассисаҳои таълимӣ баҳо медиҳад.

  Агентӣ дар оянда низ нақша дорад, ки барои такмили фаъолияти худ корҳои зиёдеро ба сомон расонида, баҳри дар амал татбиқ намудани қонунҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон, қарорҳои Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон ва санадҳои дигари меъёрии ҳуқуқӣ кӯшиш ба харҷ дода, фаъолияти худро дар асоси талаботи замон ба роҳ монад.