В советское время и с начала государственной независимости Республики Таджикистан до 1996 года активный контроль образовательных учреждений осуществлялся государственной инспекцией в сфере образования. Позже, 23 марта 1996 года, началась деятельность Управления  государственной инспекции и Отдела  аттестации, аккредитации и лицензирования Министерства образования Республики Таджикистан.

 Затем, консультативным постановлением Министерства образования Республики Таджикистан №3/4 от 23 марта 1996 года вместо Управления государственной инспекции и отдела  аттестации, аккредитации и лицензирования Министерства образования Республики была создана Государственная аттестационная служба Министерства образования Республики Таджикистан.

 Впредь консультативным постановлением Министерства образования Республики Таджикистан №11/8 от 8 октября 1999 года вместо Государственной аттестационной службы Министерства образования Республики Таджикистан было создано Управление государственной аттестации Министерства образования Республики Таджикистан.  На ее основе постановлением Правительства Республики Таджикистан № 322 от 29 июня 2001 года было создано Управление аттестации образовательных учреждений при Министерстве образования Республики Таджикистан, действовавшее   до 2007 года.

 Позднее постановлением Правительства Республики Таджикистан от 3 марта 2007 года, №105 Управление аттестации образовательных учреждений при Министерстве образования Республики Таджикистан было преобразовано в Службу государстенного надзора в сфере образования и этим постановлением были утверждены Положение, структура центрального аппарта и план управления им.

 В целях обеспечения государственного надзора за эффективностью качества образования в образовательных учреждениях, прозрачной, объективной и справедливой оценки со стороны органа образовательного учреждения и возможности принятия независимого решения, исходя из материально-технической базы и кадрового потенциала Службы государственного надзора в сфере образования Приказом Президента Республики Таджикистан от 27 января 2020 года № 1430 Служба государственного надзора в сфере образования была преобразована в Агентство по надзору в сфере образования и науки при Президенте Республики Таджикистан.

  Позже Приказом Президента Республики Таджикистан от 18 июня 2020 года, №1557 “Об агентстве по надзору в сфере образования и науки при Президенте Республики Таджикистан”  были утверждены  Положение, структура центрального аппарта и план управления им.

  В настоящее время в структуру центрального аппарата Агентства входят:

• Руководство;
• Управление государственного надзора учреждений дошкольного, общего и дополнительного образования;
• Управление государственного надзора учреждений начального, среднего профессионального образования и образования для взрослых;
• Управление государственного надзора науки и инновации, учреждений Высшего профессионального образования, послевузовского образования;
• Отдел кадров, правового обеспечения признания и эквивалентности образовательных документов об образовании в иностранных государствах
• Отдел оценки и мониторинга качества образования;
• Сектор контроля, делопроизводства и специальных работ;
• Сектор финансов и бухгалтерии;
• Сектор международных отношений.
• Схема управления Агентства по надзору в сфере образования и науки при Президенте Республики Таджикистан
• Центральный аппарат
• Управление Агентства по надзору в сфере образования и науки в Горно-Бадахшанской автономной области
• Управление Агентства по надзору в сфере образования и науки в Согдийской области
• Управление Агентства по надзору в сфере образования и науки в Хатлонской области
• Управление Агентства по надзору в сфере образования и науки в городе Душанбе
• Отдел Агентства по надзору в сфере образования и науки в Кулябском регионе Хатлонской области
• Отдел Агентства по надзору в сфере образования и науки в Гиссарском регионе
• Отдел Агентства по надзору в сфере образования и науки в Раштском регионе

 Основная цель Агентства - определение направлений реализации единой политики государственного надзора в сфере образования и науки, а также контроль за исполнением нормативных правовых актов и государственных образовательных стандартов в образовательных учреждениях Республики Таджикистана независимо от организационно-правовой формы и ведомственной подчиненности, признает и устанавливает эквивалентности  документов об образовании, полученные в зарубежных странах, и оценивает процесс обучения и воспитания, уровень качества знаний школьников, слушателей и студентов, магистров, докторантов, подготовку специалистов и другие направления деятельности образовательных учреждений.

 Агентство также планирует навести порядок в будущем, и прилагает усилия для улучшения своей деятельности, выполнения законов Республики Таджикистан, постановлений Правительства Республики Таджикистан и нормативных правовых актов и налаживания своей деятельности исходя из текущих требований.